2022year1Month, Zhang Yan 교수의 연구팀은 인간 게놈의 중요한 후성 유전 학적 변형에 중점을 두었습니다-dna시카고 슬롯, 연구 결과는 대규모 데이터의 수집, 통합, 분석 및 시각화에서 달성됩니다. 관련 콘텐츠는 "인간 질병 시카고 슬롯 데이터베이스의 주요 확장 및 업데이트"입니다.(질병 버전 3.0 : 인간 질병 시카고 슬롯 데이터베이스의 주요 확장 및 업데이트), 국제적으로 유명한 저널 "Nucleic Acid Research"(핵산 연구).
DNA시카고 슬롯는 현재 연구원들에 의한 가장 우려되는 후성 유전 학적 변형 중 하나이며 포유 동물 및 세포 활동의 정상적인 발달에 중요한 역할을합니다. 유기체의 정상DNA시카고 슬롯는 세포 성장과 신진 대사를 유지할 수 있으며, 반면DNA시카고 슬롯의 비정상적인 징후는 질병의 발생으로 이어질 수 있습니다. 특별한DNA시카고 슬롯는 한편으로는 종양 억제제 유전자의 전사를 방지 할 수 있으며, 반면에 게놈 불안정성을 유발할 수 있습니다. 그러므로DNA시카고 슬롯는 임상 진단 및 치료 도구로 광범위한 응용 전망을 가지고 있으며 분명합니다DNA시카고 슬롯와 질병의 관계가 드러납니다DNA시카고 슬롯의 병원성 메커니즘이 중요합니다.
이 연구에서는 모든 인간이 통합되었습니다DNA시카고 슬롯 질병에 사용 가능한 메타 데이터 열기, 스토리지, 쿼리, 분석, 시각화, 다운로드 및 기타 기능을 통합하는 포괄적 인 기능 구축DNA시카고 슬롯 질병 데이터 자원 상호 작용 플랫폼-질병 버전 3.0. 데이터베이스 포함162타입 및DNA시카고 슬롯 관련 질병 데이터,49,949고 처리량 시퀀싱 데이터의 샘플 및3328실험적으로 확인DNA시카고 슬롯 된 질병 관련 유전자. 이것들을 위해DNA시카고 슬롯 데이터 세트의 메타 데이터는 통합 및 표준화 된 분석 프로세스를 설정하고 다양한 실험 기술 (예 :450k,WGBS등) 질병 감지DNA시카고 슬롯 스펙트럼 및 추가 마이닝 분석 정보 차이, 상관 분석, 생존 분석 및 네트워크 분석을 포함한 다양한 통계적 결과를 포함합니다 (그림1).
그림1: 데이터베이스 프레임 워크
연구팀은 친절한 인터페이스 지원을 개발했습니다질병 3.0검색, 대화식 분석, 시각화 및 다운로드 기능을 구현합니다 (그림2). 검색 기능은 네 가지 방법을 제공합니다.Genesearch,질병 검색,functionsearchandAdvancedSearch, 사용자는 유전자 기호 (Gene Name/전사ID), 게놈 위치 및 질병 이름 등, 사용자가 질병에 대한 관심 유전자를 빠르게 이해하도록 돕는DNA시카고 슬롯 차이 및 생물학적 기능 또는 조절에 관여하는 분자 경로. 온라인 분석 기능은 유전자 목록, 질병 유형, 시카고 슬롯 시퀀싱 데이터 기술 유형을 입력하여 사용자의 개인화 된 분석을 지원합니다./플레이어 및 데이터베이스는 여러 통계 매개 변수를 지원합니다. 분석 결과는 테이블 또는 시각적 이미지의 다양한 질병의 유전자를 보여줍니다DNA메틸화 수준의 차이, 유전자에 해당하는 염색체 위치, 전사 정보, 중요성P값, interdiseaseDNA시카고 슬롯 된 미분 유전자 및 기타 정보의 관련성. 연구팀은 또한 암을위한 예후 및 코메틸 화 분석 도구를 개발하여 암 샘플 및 정상 샘플에서 단일 유전자를 탐색 할 수 있도록 독립적 인 온라인 도구를 제공합니다.DNA시카고 슬롯 분포, 암 환자의 높고 낮은 시카고 슬롯 그룹의 생존 곡선 및 높은 및 낮은 시카고 슬롯 그룹에서 다른 생존 시간 노드에서 암 샘플의 비율.
그림2: 데이터 검색 및 분석
질병 버전 3.0포괄적 인 계획 데이터베이스입니다.DNA시카고 슬롯는 질병의 바이오 마커이며 연구를위한 것입니다DNA질병의 시카고 슬롯-매개 후성 유전 적 조절은 기본 및 임상 연구에서 연구원들에게 안정적인 지원을 제공하기위한 포괄적 인 데이터 자원을 제공합니다.
이 연구는 National Natural Science Foundation of China Project Funding에 의해 지원되었습니다. Zhang Yan 교수와 박사후 연구원 Gu Yue가 해당 저자입니다. 박사 과정 학생 Xing Jie, Zhai Ruiyang 및 Wang Cong는이 논문의 공동 우선 작가입니다. Liu Honghao, Zeng Jiaqi, Zhou Dianshuang, Zhang Mengyan, Wang Liru 및 Wu Qiong은 연구의 일부에 참여했습니다.
원본 링크 :https : //doi.org/10.1093/nar/gkab1088